江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，首任所长为中医药学家、学部委员（院士）叶桔泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院地方分院，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是南京中医药大学附属中西医结合医院、第三临床医学院、全国重点中西医结合医院、药物临床试验机构、中医住院医师规范化培训基地、中医住院医师规范化培训重点专业基地、中医紧急医学救援队伍及基地依托医院、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、美国心脏协会（AHA）授权的专业急救技能培训基地。2017年被纳入全国中医药传承创新工程省级中医药科研机构项目储备库，2018年成为中医临床研究基地建设单位。

　　南京市中医院（南京中医药大学附属南京中医院、南京市中医院互联网医院、南京市体育医院）成立于1956年，现有2个院区：大明路院区、夫子庙院区；3个分院（紧密型医联体）：浦口分院（南京市浦口区中医院）、高淳分院（南京市高淳中医院）、滨海分院（盐城市滨海县中医院）。现占地面积92亩，建筑面积31.1万㎡，编制床位1575张，现在职职工1902人，其中卫技人员1707人，高级职称485人，硕博士453人。 　　南京市中医院是新中国成立早的中医医院之一，传承金陵医派，发展到现在已是一所中医特色突出，现代医技科室设置完善，急诊急救水平过硬的现代化大型三级甲等中医医院。2018年成为南京市人民政府与南京中医药大学共建直属型附属医院，是全国肛肠医疗中心、区域诊疗中心，现有重点学科1个（中医肛肠病学），重点专科7个；江苏省重点学科1个（中医脑病学），江苏省重点专科8个；南京市重点专科16个。医院有全国中医师承指导老师6人，省、市级名中医、名中西医结合专家53人；设有国医大师工作站4个、名中医工作室10个、省级名中医工作室6个、市级名中医工作室27个、及省级名中医工作室基层工作站4个、市级名中医工作室基层工作站24个。设立顾晓松院士工作站、江苏省研究生工作站、江苏省博士后创新实践基地、南京市中医药现代化与大数据研究中心、南京市中医药转化医学基地、南京市普外科临床医学中心、南京市医学重点实验室、南京市临床生物资源样本库等。

　　江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）位于江苏省南京市秦淮区汉中路155号，始建于1954年10月，是一所集医疗、康复、教学、科研于一体的三级甲等中医院，是南京市医保和新农合定点医院，是江苏省中西医结合肿瘤研究中心、江苏省中西结合心血管病临床研究所、华东地区结石病防治基地，是南京中医药大学主要附属医院、世界卫生组织传统医学合作中心中医临床基地、针灸培训中心，先后荣获全国省级示范中医院”、全国卫生系统先进集体、全国百佳医院、全国文明单位等荣誉称号。